Az 54-szeres válogatott védő az Anderlecht elleni, áprilisi Európa-liga-negyeddöntő második mérkőzésén szenvedett súlyos térdsérülést, ami miatt a szezon hátralévő részében már nem léphetett pályára. Rojót májusban meg is kellett műteni, és bár Mourinho akkor azt mondta, jól halad a játékos rehabilitációja, a portugál szakember a januárt jelölte meg lehetséges visszatérési időpontként.
Rojo felépülése jobban haladt a vártnál, így kerülhetett sor a szerdai visszatérésre: az első félidőt töltötte a pályán a Bilbao ellen 2–1-re megnyert összecsapáson. Az argentin bekk valószínűleg még többször pályára lép az MU utánpótlás együttesében, mielőtt Mourinho számításba venné az első csapatnál – utóbbinál a december 5-i, CSZKA Moszkva elleni BL-csoportmeccs lehet a reális cél.
Rojónak az előző szezon korábbi szakaszában is adódtak gondok a térdével, amikor viszont egészséges volt, Mourinho alapemberként számolt vele. A 2016–2017-es idényben összesen 41 mérkőzésen lépett pályára, és egy gólt szerzett.