Faragó Lajos 1945-től tartozott a kispesti csapathoz (Kispesti AC, majd Bp. Honvéd), amelynél együtt szerepelt többek között Bozsik Józseffel és Puskás Ferenccel. 1963-as visszavonulásáig volt a Honvéd labdarúgója.
Faragó hét alkalommal szerepelt a magyar felnőtt-, nyolcszor az olimpiai válogatottban, utóbbival az 1960-as római olimpián bronzérmes lett.
A Honvédtól 1963-as visszavonulása után sem szakadt el, a klub utánpótlásában dolgozott, majd az 1973–1974-es idényben a felnőttcsapat vezetőedzőjeként. Később Szíriában és Mozambikban is megfordult, majd a Kossuth KFSE vezetőedzője volt.
Faragó Lajost a Honvéd saját halottjának tekinti – áll a klub hivatalos honlapján.