A futballista a Barnsleynél nevelkedett, majd 2013-ban – a transfermarkt.de adatai alapján – 3.5 millió euró ellenében az Everton játékosa lett. Itt aztán jó teljesítményével felkeltette a Manchester City figyelmét, amely 2016-ban 55.6 millió euróért szerződtette a középhátvédet. A manchesterieknél eltöltött öt éve alatt 168 alkalommal kapott lehetőséget, 10 gólt szerzett. A válogatottal a nyári Európa-bajnokságon egészen a döntőig menetelt, amelyet az angolok tizenegyespárbajban veszítettek el Olaszország ellen.
„Nem lehetnék ennél boldogabb. Nagyon szeretem, hogy tagja lehetek ennek a csapatnak. Nagyon sok jó játékosunk van, és tudom, hogy a jövőben is tudunk trófeákat nyerni. Emellett az edző személye és a vele való közös munka is egy álom – nyilatkozta a klub honlapjának az angol védő. – Az elmúlt négy év sikerei hihetetlenek. Azzal, hogy ennek a részese lehettem, valóra vált egy álmom, és szeretném ezt folytatni.”
John Stones a Manchester Cityvel háromszor nyert bajnokságot, négyszer angol Ligakupát, egyszer FA-kupát és kétszer hódította el a Community Shieldet. Az előző idényben 22 bajnokin kapott szerepet, amelyeken négy gólt szerzett, míg a csapattal bejutott a Bajnokok Ligája döntőjébe, megnyerte a Premier League-t és az angol Ligakupát.