Az egykori Arisz-játékos Panaguliasz háromszor ült a görög nemzeti csapat kispadján: 1973–1976, 1977–1981 és 1992–1994 között irányította a válogatottat. A görögök az ő vezetésével jutottak ki először Eb-re és vb-re. A New Yorkban egyetemet végző szakember amerikai kapitányként is dolgozott, a görög klubcsapatok közül az Arisz, az Iraklisz és az Olympiakosz kispadján ült. A labdarúgótorna koordinátora volt a 2004-es, athéni olimpián.
Panaguliasz hetvenegy mérkőzésen irányította a görög válogatottat, rekordját csak az Európa-bajnokságot nyert csapat szövetségi kapitánya, Otto Rehhagel döntötte meg (106).