A játékosként kisebb csapatokban megforduló Oenning edzői pályafutását a württembergi tartományi szövetségnél kezdte meg, majd dolgozott a német U-válogatottaknál. 2004-ben a Borussia Mönchengladbach másodedzője lett, ugyanezt a tisztséget töltötte be Wolfsburgban, majd a Bochum utánpótlásának irányítását bízták rá.
Oenning ezt követően a Nürnbergnél volt másod-, majd vezetőedző, mielőtt a Hamburger SV-hoz került volna: a HSV-nél 2010–2011-ben másodedzőként dolgozott, majd Armin Veh-t váltotta a vezetőedzői poszton. A 2011–2012-es idényben a rossz szezonkezdet miatt hamar menesztették. Legutóbb a német egyetemi válogatott trénereként vállalt munkát. A Nemzeti Sport értesülései szerint Oenning szerződése egyelőre a 2015–16-os bajnokság végéig szól.
Az őszi szezonban Szanyó Károlyt váltó Simon Antal december 31-ig segítette a Vasast, Oenning pedig január elsejével vette át az irányítást – írja az angyalföldiek hivatalos honlapja. Az edzői stáb sorsáról a közeljövőben születik döntés.
A Vasas a 10., épp nem kieső helyről várja az NB I tavaszi folytatását. Oenning Dirk Berger (2013) után az angyalföldiek második német edzője.
2015. augusztus 19. | Videoton | Bernard Casoni (francia) helyett ideiglenesen Pető Tamás |
2015. október 6. | Videoton | A megbízott edző Pető Tamás helyett Horváth Ferenc |
2015. október 19. | Vasas | Szanyó Károly helyett Simon Antal |
2015. december 29. | DVTK | Bekő Balázs (december 14-én távozott) helyett Egervári Sándor |
2016. január 2. | Vasas | Simon Antal helyett Michael Oenning (német) |