A 32 éves védekező középpályás a debreceni utánpótlást kijárva 2008-ban mutatkozhatott be a felnőttcsapatban, amelyben 212 mérkőzésen léphetett pályára, három-három bajnoki címet és kupát, két Szuperkupát és egy Ligakupát nyert.
2013 januárjában a német élvonalbeli Greuther Fürthhöz adták kölcsön, majd nyáron az angol másodosztályú Middlesbrough-hoz került egy évre.
Varga 2016 nyarának utolsó napján a Videotonhoz szerződött, a fehérváriakkal a 2017–2018-as idényben újabb NB I-es aranyérmet szerzett.
Ezt követően a Puskás Akadémia alkalmazásában állt, most pedig visszatért az élvonalból búcsúzó nevelőklubjához.
„Nehéz szavakba önteni, hogy milyen érzések vannak most bennem, nagyon örülök, hogy újra a DVSC-ben szerepelhetek, szeretném megköszönni mindenkinek, aki lehetővé tette, hogy újra DVSC-szerelést húzhassak magamra. Nagyon nagy büszkeséggel tölt el, igyekszem meghálálni a bizalmat, és a pályán, valamint azon kívül hozzátenni a magamét ahhoz, hogy a DVSC újra ott szerepelhessen, ahová való” – mondta a mérkőzésre kilátogató szurkolók előtt a 34-szeres válogatott Varga József.
NYÁRI JÁTÉKOSMOZGÁS A DEBRECENI VSC-NÉL
Érkezők: Bévárdi Zsombor (Kaposvári Rákóczi – kölcsönből vissza), Korhut Mihály (Arisz Szaloniki, görög – szabadon igazolhatóként), Pintér Ádám (Kaposvári Rákóczi – kölcsönből vissza), Poór Patrik (Paks, szabadon igazolhatóként),Sós Bence (Puskás Akadémia), Tischler Patrik (Kisvárda), Varga József (Puskás Akadémia), Zöldesi Illés (Kisvárda – kölcsönbe)
Távozók: Barna Szabolcs (MTK Budapest), Babatunde Adeniji (nigériai, ?), Belényesi Csaba (DEAC), Haruna Garba (nigériai, ?), Jurij Habovda (ukrán, ?), Kovács Péter (Budaörs – kölcsön után végleg),Luka Milunovics (szerb, ?), Nikola Trujics (szerb, ?), Nagy Sándor (Bp. Honvéd)