Nem változott semmi péntekhez képest. Nem is változhatott, hiszen Szuzukában a szombati második időmérő idején sokkal hidegebb volt, sokkal erősebben fújt a szél, és ami a legfontosabb: sokkal jobban esett az eső, mint pénteken. A roszszabb idő pedig azt jelentette, hogy az első napon remekelő 125-ös Alex De Angelis pályafutása második, a 250-es Aojama Hirosi az első, a MotoGP-ben induló négyszeres világbajnok Valentino Rossi pedig immár a 22. rajtelsőségét ünnepelhette.
Bár péntekhez képest sokkal rosszabb idô volt Szuzukában, Manuel Poggiali mégis képes volt beverekedni magát a versenybe
Bár péntekhez képest sokkal rosszabb idô volt Szuzukában, Manuel Poggiali mégis képes volt beverekedni magát a versenybe
Jeremy McWilliams és Manuel Poggiali szinte megoldhatatlan feladat előtt állt, ha rajtolni akartak vasárnap, javítaniuk kellett. És sikerült: vízen gyorsabbak voltak, mint szárazon, és kvalifikálták magukat a versenyre. Ám nemcsak ők okoztak hatalmas meglepetést, hanem a pénteken súlyos sérüléseket szenvedő Marco Melandri is: komplikált műtétje után saját felelősségére kiengedték a kórházból, és a szombati edzéseket már a vb mobilklinikájának egyik betegágyán nézte televízión. A gyári Fortuna Yamaha-csapatban a szuzukai viadalon Abe Norijuki helyettesíti Melandrit – a japán pilótát 1995 óta először a Yamaha csupán tesztpilótaként alkalmazza. A MotoGP második hivatalos időmérőjén csak McWilliams húzta tövig a gázt, hiszen az ellenfelei már a szombat délelőtti, második szabadedzésen kipróbáltak minden esős beállítást, és ők már pénteken kvalifikálták magukat a vasárnapi viadalra. A MotoGP legidősebb tagjának azonban nagyon kellett hajtania, hiszen tíz másodpercet le kellett faragnia a pénteki idejéből ahhoz, hogy rajthoz állhasson. A kétütemű Proton KR3-ason motorozó 39 éves McWilliamsnek megérte kockáztatni, hiszen 11.3 másodperccel megjavítva a pénteki idejét, bebocsátást nyert a Japán GP-re. A 250-ben is volt két motoros, aki úgy húzta a gázt a vizes aszfalton, mintha az tökéletesen száraz lenne. A vb-esélyesnek is kikiáltott Poggialinak és a spanyol Toni Elíasnak a 2:27.585 perces határt kellett áttörni – ez az idő volt a 107 százalékos határ az Aojama által elért legjobb időhöz képest. A két pilóta fél órát várt arra, hogy valamelyest elálljon az eső, ám végül bele kellett törődniük abba, hogy "jégpályán” kell véghezvinniük a lehetetlent. Az esőmenőnek egyáltalán nem számító Poggialinak sikerült, Elías azonban bukott. Ennek ellenére reménykedik, hiszen létezik egy egyezség a Dorna és a pilóták között, amelynek értelmében különleges esetben olyan pilóta is részt vehet a vb-futamon, aki nem tudta magát minősíteni az edzésen. Ebben az esetben pedig különleges esetről lehet szó, hiszen a vb főszervezője, a Dorna és Elías is spanyol.