Játékos-pályafutása befejezése után, huszonhét éve állt edzőnek. Előbb az Atalantánál dolgozott, utána megfordult Leccében, Veronában, Rómában, majd a Fiorentinához került. A Firenzében eltöltött öt éve után 2010 és 2014 között az olasz válogatott szövetségi kapitánya volt, a 2012-es Európa-bajnokságon második lett együttesével. Ezt követően a Galatasaraynál, majd a Valenciánál dolgozott, míg az idén május vége óta az al-Naszr vezetőedzője.
Szlovéniai edzőtáborozás után érkeztek Győrbe, ahol a tervek szerint csapata megmérkőzik a Zsolnával (MSK Zilina), az Inter Bratislavával és a Rapiddal. Információnk szerint Prandelliék augusztus közepéig élvezik az ETO Park szolgáltatásait.