Isaksson – aki ugyanazon a napon született mint Zlatan Ibrahimovic – a svéd válogatottban 2001-2016 között 133 alkalommal szerepelt, csak a korábbi kiváló kapus, Thomas Ravelli (143) és a középpályás Anders Svensson (148) szerepelt nála többször a skandinávoknál.
Isaksson a 2002-es és a 2006-os világbajnokság mellett 2004-től a soron következő négy Európa-bajnokságon is pályára lépett a hazája nemzeti csapatában.
A 37 éves kapus pályafutása során kétszer ünnepelhetett bajnoki címet, mindkettőt még karrierje elején, a Djurgardennel nyerte: 2002-ben és 2003-ban – előbbi évben a Svéd Kupát is megnyerte, amelyet idén is magasba emelhetett. Hosszú évek légióskodása során mindössze egy holland Szuperkupát ünnepelhetett, amit 2008-ban a PSV játékosaként nyert meg.
Hazájában 2002 és 2015 között 10 alkalommal választották meg az év kapusának, de 2006 és 2010 között csak egyszer nyert, 2009-ben.