Rakitic svájci születése miatt utánpótláskorúként a svájci válogatottban lépett pályára, ám amikor Slaven Bilic a horvát felnőttcsapathoz hívta, igent mondott. 2007-ben, 19 évesen mutatkozhatott be az Észtország elleni, 2–0-ra megnyert Eb-selejtezőn, a következő, Andorra elleni meccsen az első gólját is megszerezte. 106-szor ölthette magára a nemzeti csapat mezét, ezeken a mérkőzéseken 15-ször volt eredményes.
A 32 éves középpályás a 2008-as, a 2012-es és a 2016-os Európa-bajnokságon is pályára lépett, ahogyan a 2014-es világbajnokságon is, ám a legnagyobb válogatottbeli sikere egyértelműen a 2018-as vb-hez kötődik, amelyen hihetetlen menetelés után ezüstérmet nyert Horvátországgal.
Rakitic sérülések és formahanyatlás miatt a vb után egyre kevesebb szerepet kapott a nemzeti csapatban. Utoljára 2019 októberében, a Magyarország és a Wales elleni Nemzetek Ligája-meccseken szerepelt.