A bajoroknál 2012 óta szereplő horvát a hírek szerint nem biztos abban, hogy az újonnan érkező spanyol edzőnél is állandó tagja lesz a kezdőcsapatnak, így szívesebben igazolna egy olyan együttesbe, amelyikben folyamatosan számítanak rá. A Münchner Abendzeitung szerint a Real Madrid és a Chelsea már be is jelentkezett érte.
A 40-szeres horvát válogatott játékos Madridba szerződését nem lehet kizárni, mivel a Gonzalo Higuaín távozásával megüresedő helyet a csatársorban még nem töltötték be a blancók, és Carlo Ancelotti vélhetően nem akar majd mindössze két csatárral nekivágni a 2013–2014-es idénynek.
A támadó másik lehetséges célpontja a Chelsea lehet, ugyanis José Mourinho korábban már jelezte, szívesen igazolna még egy támadó szellemű játékost a nyáron.
Mandzukic a 2012–2013-es idényben 24 bajnokin lépett pályára a Bayern Münchenben, és 15 gólt szerzett.