A Bayern Münchennel 2001-ben Bajnokok Ligáját nyert irányító kedden írta alá első edzői szerződését, amely szerint 2017. június 30-ig irányítja a paderborni együttest. A hírek szerint segítője a jelenleg a magyar U19-es válogatottnál szövetségi edzőként dolgozó, 29 éves Sören Osterland lesz.
A 2004-ben visszavonult, 47 éves Effenberg új klubja a legutóbbi szezonban még az élvonalban szerepelt, ám jelenleg a második vonalban is csak a 15. helyen áll, tíz mérkőzésen szerzett hét ponttal.