A német válogatott támadó tízévesen került a bajor klubhoz, amellyel 2008-ban írta alá első profi megállapodását. Müller német rekordot jelentő tizenegy bajnoki címet szerzett a Bayern Münchennel, valamint többek között két Bajnokok Ligáját és hat Német Kupát nyert.
A 32 esztendős világbajnok futballista 624 tétmeccsen lépett pályára a müncheni csapatban. A mostani idényben 43 tétmérkőzésen összesen 12 gólt szerzett és 24 gólpasszt adott.