A spanyol klub 2013-ig szólós szerződést kötött a chilei szakemberrel, aki talán legsikeresebb időszakát a Villarreal vezetőedzőjeként töltötte 2004 és 2009 között.
A „sárga tengeralattjárónál" elvégzett munka „jutalmaként" Pellegrini 2009 júniusában a Real Madrid kispadjára ülhetett le, de hiába ért el klubrekordot jelentő 96 pontot a királyiakkal a bajnokságban, egy szezon után távoznia kellett a végül a Barcelona mögött csak ezüstérmet szerző csapattól.
A Málaga korábbi vezetőedzőjét, Jesualdo Ferreirát három hónap után kedden küldték el a klubtól. A 64 éves portugál szakembert azért állították fel az andalúziai gárda kispadjáról, mert az együttes a sorozatos vereségek miatt a kiesést jelentő 18. helyre csúszott vissza a tabellán.