2004. február: még a Porto mestereként azzal gyanúsították meg, hogy a Sporting elleni bajnoki után az öltözőfolyosón megtámadta a fővárosiakat erősítő Rui Jorgét, és széttépte a mezét. |
2005. február: azzal vádolta meg Anders Frisk játékvezetőt, hogy a Chelsea barcelonai BL-mérkőzésének szünetében beengedte öltözőjébe a katalán kispadon ülő Frank Rijkaardot. Tiltakozásul nem vett részt a találkozó utáni sajtótájékoztatón. Frisk cáfolta Mourinho állításait, később halálos fenyegetéseket kapott, és visszavonult. A portugál trénert két összecsapásra eltiltották, mivel az UEFA szerint „rossz hírnevét keltette a futballnak”. |
2005. május: a Liverpool elleni BL-meccs vitatott győztes góljáról közölte, hogy azt nem Luis García, hanem a partjelző szerezte. Kijelentésével nagy vihart kavart. |
2007. március: a Tottenham elleni kupamérkőzést követően állítólag kurafinak nevezte a játékvezetőt. „Nem sértésnek szántam, bár úgy is lehet érteni” – kommentálta az esetet az edző. |
2007. április: a Liverpool elleni BL-találkozó közben hevesen 11-est reklamált kezezés miatt, pedig az a büntetőterületen kívül történt. Később epés megjegyzésekkel illette Markus Merk játékvezetőt. |
2008. november: az Internazionale egyik elvesztett meccse után a RAI tévécsatorna riportere összehasonlította őt elődjével, Roberto Mancinivel, mire Mourinho félbeszakította az interjút. |
2009. december: az Atalanta elleni 1–1 után megtámadott egy újságírót, és a karjánál fogva kirángatta az interjúszobából. |
2010. február: a Sampdoria otthonában elért 0–0-s összecsapás során a bíró két Inter-játékost is kiállított, mire Mourinho keresztbe tett csuklókkal jelezte, hogy a sípmestert bilincsben kéne kivezetni a stadionból. Mozdulatáért három meccsre eltiltották, és 40 ezer eurós pénzbírságot kapott. |
2010. február: a Milan elleni városi rangadó után közölte: „Ma minden megtörtént annak érdekében, hogy ne mi nyerjünk.” Mondatáért 18 ezer eurót kellett fizetnie. |
2010. november: egy spanyolországi kupamérkőzés közben – bár a Real Madrid 5–1-re nyert – durván megsértette a játékvezetőt, amiért kétmeccses eltiltással bűnhődött. |
2010. december: a Sevilla 1–0-s legyőzése után összeállított egy 13-as listát a játékvezető legsúlyosabb tévedéseiből. Florentino Perez klubelnök annyit fűzött hozzá, hogy a Realban nem szokták kommentálni a bíró ténykedését. |
2011. február: a lyoni BL-találkozó után Wolfgang Starkon kért számon egy meg nem ítélt büntetőt: „Én ötven méterről láttam a kezezést, ő öt méterről nem vette észre.” |
2011. március: kétszínűnek nevezett egy riportert, aki a bírókról alkotott véleményére kérdezett rá. „Amit mondok, azok nem vádak, hanem az igazság” – jelentette ki. |
2011. április: élesen bírálta a Barcelona elleni BL-elődöntőt vezető Wolfgang Starkot, és arra is utalt, hogy az UEFA az ENSZ Gyermekalapjának (UNICEF) támogatása miatt részesíti különleges elbánásban a katalánokat. |