Nunez regnálása idején az FC Barcelona labdarúgócsapata többek között hét spanyol bajnoki címet, hat Király-kupát, négy Kupagyőztesek Európa-kupáját és egy BEK-et nyert, míg a többi szakosztályt is figyelembe véve a klub ebben az időszakban összesen 175 trófeát gyűjtött be. Az ő nevéhez köthető a Johan Cruyff-féle álomcsapat is, amit minden idők egyik legjobb együttesének tartanak.
Dicsőséges eredménylistája ellenére sok kritikát kapott amiatt, mert nem akart túlságosan magas fizetést adni a sztárjátékosoknak, akik közül Diego Maradona, Ronaldo, Bernd Schuster, Hriszto Sztoicskov és Luís Figo is az ő vezetése alatt hagyta el a klubot.
Nunez 22 évig irányította a Barcát, nála több ideig senki sem ült az FC Barcelona elnöki székében. Innovatív klubvezetőként vonult be a sporttörténelembe: forradalmasította az egyesület üzleti modelljét, ő tette le a televíziós közvetítési jogok díjfizetésének alapjait.
Nunez regnálása alatt kétszer is kibővítették a Camp Nout, jelentősen átalakította a La Masiát, valamint megnyitotta a Barcelona múzeumát.