Mint ismert, a 29 esztendős világbajnok csatár a csoportkör utolsó fordulójában az Ajax elleni találkozón (3–3) csúnyán fejbe rúgta Nicolás Tagliaficót, amiért egyből kiálították.
Az UEFA január közepén jelezte, Müller két meccsre szóló eltiltást kapott. A Bayern fellebbezett az ítélet ellen, ám az európai szövetség elutasította a 2013-as BL-győztes klub kérelmét.
Az idényben 28 tétmérkőzésen összesen öt gólt szerző és nyolc gólpasszt adó Müller így kihagyja a Liverpool elleni nyolcaddöntő mindkét összecsapását. A párharc mérkőzéseit február 19-én és március 13-án rendezik, a visszavágó Münchenben lesz.