Az esőben kezdődő kvalifikáción a legtöbb pilóta már a zöld lámpa kigyulladásánál felsorakozott a boxutca végén, hogy intermediate gumikon minél jobb kört teljesítsen a várható rosszabb körülmények között, ugyanakkor például a szombati szabadedzést megnyerő Mark Webber, csapattársa Sebastian Vettel és Michael Schumacher nyugodtan szemlélte a depóban a pályán zajló fejleményeket, csakúgy, mint a két Ferrari.

A nedves pályán előbb Vitalij Petrov, majd Sébastien Buemi és Vitantonio Liuzzi sodródott le az aszfaltcsíkról, de a többiek sem tudtak teljesen tiszta köröket teljesíteni. Robert Kubica jónak mondható 1:46.283-as ideje is több mint 12 másodperccel volt lassabb Webber reggeli idejénél.

Az állapotok tovább romlottak, az élmezőnyhöz tartozó pilóták közül Michael Schumacher csak a 13. helyet érte el, Lewis Hamilton megpördült, Jenson Button a sóderágyba került, míg a Ferrarik csak a kieső zónában foglaltak helyet alig több mint öt perccel az etap vége előtt.

Az extrém esőgumikon köröző pilóták közül Alonso is piruettezett egyet, végül mégis ő volt a legközelebb ahhoz, hogy elérje a 17. helyhez elegendő időt. Végül ez neki sem sikerült, így a két Hispania Racing, a Virgin versenyzője, Lucas di Grassi, és Jarno Trulli mellett a két Ferrari, valamint Hamilton sem folytathatta az időmérőt, míg Button csak a 17. helyet szerezte meg.

Az edzésetap középső szakaszában Petrov és M. Schumacher vezette felváltva az időmérőt, majd a folyamatosan javuló körülményeknek köszönhetően a két Williams állt az élre, mígnem az újabb esőzés miatt sürgetetett Vettel futott egy parádés kört.

A végén az utolsó szakaszon lévő óriási esőzés miatt javítani már csak Webber tudott, aki így bejött az első tízbe.

A kvalifikáció utolsó szakaszában ismét az eső kerekedett felül, és kevesebb, mint három perc elteltével piros zászlóval félbeszakították az edzést. Az esővel már tavaly is meggyűlt a versenyzők problémája Malajziában, amikor idő előtt kellett leinteni a futamot, így a pilóták a megszerzett helyezésükért járó pontok felét kapták csak meg.

Több mint tíz perc várakozás után ismét pályára vonultak a versenyzők, az utolsó hét perc kavalkádjából végül a nagyot kockáztató Webber jött ki a legjobban, aki – a többiekkel ellentétben – intermediate gumikon körözve több mint egy másodpercet vert a szakadó esőben a komplett mezőnyre, így ő indulhat vasárnap az élről.