A Baja a 2010–2011-es kiírásban a negyedik helyen végzett az NB II Nyugati csoportjában, egy idénnyel később pedig a legjobb nyolc közé jutott a Magyar Kupában, ahol az Újpest jelentette a végállomást számára. A 2012–2013-as évadban a Bács-Kiskun megyei együttes kiesett a másodosztályból, két évvel később pedig az NB III-tól is elbúcsúzott, azóta a megyei első osztályban vitézkedik a felnőttcsapata, amely jelenleg az ötödik helyen áll a Kecskeméti LC által vezetett tabellán.
A klub közleménye szerint az MLSZ új rendszerében regionális központ szerepét betöltő kecskeméti akadémia tavaly felkérte a Bajai LSE-t, hogy az egyesület lássa el az alközponti feladatokat, ám a szövetség végül a Labdarúgás Utánpótlásért Alapítványt jelölte ki alközpontnak. A BLSE szerint a város nem támogatta a hat éve még az NB II-ben szereplő klubot, amely a közelmúltban szép sikereket ért el az utánpótlásban, sőt a bajai futball történetében elsőként indított női csapatot.
„Ha az elmúlt évtizedben nincs a BLSE, akkor az MLSZ tervezetében Baja fel sem vetődött volna lehetséges alközpontként! Örülünk, hogy az egyesületünkben végzett munka ezt lehetővé tette!
Mára odáig jutottunk, hogy a harmadik forduló után még mindig nem edzhettünk a város fő pályáján, edzéseinkért 7620 Ft/óra bérleti díjat fizetünk a műfüves pályán az üzemeltetőnek. Még bajnoki mérkőzést sem játszhattunk a fő pályán. A város egy frissen alakult egyszemélyes, érsekcsanádi kft-re bízta a sportlétesítmények üzemeltetését.
Sokszor vádolták egyesületünket azzal, hogy nem működik együtt másokkal. Lehet-e attól komolyabb együttműködési készséget mutatni, mint 2016 nyarán, amikor a BLSE a LUA által nem teljesen sportszerű módszerekkel elcsábított játékosok átigazolásakor elengedett több mint 6 millió forint átigazolási díjat?
Be kell látnunk, hogy széllel szemben nem megy. Számunkra ismeretlen okok miatt egyesületünket visszasorolták C szintű utánpótlásklubnak. Ennek megfelelően közgyűlésünk határozata szerint a 2017–2018-as szezonban nem indítunk felnőtt férficsapatot, erőnket az utánpótlás-nevelésre összpontosítjuk!
Sok sikert kívánunk azoknak, akik a jövőben meghatározzák térségünk labdarúgását!” – olvasható a Baja honlapján megjelent közleményben.