A játékosként többek között a Real Madridban és a Barcelonában is megforduló Prosinecki négy évig volt másodedző a horvát válogatottnál, majd 2010-ben a Crvena zvezda vezetőedzője lett. A 48 éves szakember a Belgrádban töltött szűk két év után a Kayserisporhoz szerződött, majd legutóbb Azerbajdzsán válogatottját irányította 2014 decembere és 2017 májusa között.
Az azeri válogatottal 21 mérkőzésen öt győzelmet aratott, s hat döntetlen mellett tíz vereséget könyvelhettek el mínusz 14-es gólkülönbséggel (19–33).