A 46 éves szakember 2015-ben akasztotta szögre a stoplist, majd egy évvel később már 13 mérkőzésen vezetőedzői feladatot kapott pályafutása meghatározó klubjánál, a Sao Paulónál. 2017 novemberében nevezték ki a szintén brazil első osztályú Fortalezához, amely jelenleg a 14. helyen áll a tabellán a húszcsapatos bajnokságban.
A Cruzeiro még ennél is rosszabbul áll, csupán 10 pontot gyűjtött az eddigi 13 forduló alatt, és legutóbb a 3. körben tudott győzedelmeskedni.
Rogério Ceni 2020 decemberéig szóló szerződést írt alá a kétszeres Libertadores-kupa-győztes, négyszeres bajnokcsapatnál.