A német szakvezető 2011 őszén került a Hamburghoz távozó Thorsten Fink helyére, és a BL-ben bejutott a nyolcaddöntőbe a bázeliekkel, úgy, hogy a Manchester Unitedet is megelőzték a csoportban.
Vogelt a gyenge idénykezdet miatt 2012 októberében menesztették az FC Baseltől, azóta nincs csapata.
A 37 éves szakember most viszont újra a Bayernnél dolgozhat az U19-es csapat trénereként. Korábban 1998 és 2007 között a klub különböző utánpótlásgárdáit irányította. Münchenben a Wehenhez távozó Marc Kienle helyére kerül.