A horvát szakembert 2016 márciusában nevezték ki a Huszti Szabolcsot is soraiban tudó Eintracht Frankfurt élére azzal a szándékkal, hogy benn tartsa a klubot a német élvonalban. Niko Kovacnak ez sikerült is (igaz, osztályozón).
A jelenlegi, 2016–2017-es kiírásban a Frankfurt remekül szerepel, 13 forduló után az előkelő 5. helyen áll, ez pedig meggyőzte a német gárda vezetőségét, amely 2019-ig meghosszabbította Kovac szerződését.
Niko testvére, Robert is marad a klubnál, ő asszisztensként segíti őt.