A harmincegy éves, tizenhatszoros olasz válogatott 2006-ban szerződött a Parmától a milánóiakhoz, és a piros-feketékkel nyert már bajnokságot, Olasz Kupát, Európai Szuperkupát és BL-t is.
Bonera a 2012–2013-as szezonban összesen tizenhét mérkőzésen lépett pályára.