Han Dade, Carel Reeser és Floris Stempel, az 1883-ban létrehozott Union, majd 1894-ben Footh-Ball Club Ajaxszá átkeresztelt klub vezetői 1900 elején körlevelet küldtek az akkoriban megszületett kisebb amszterdami egyesületeknek. A három barát aziránt érdeklődött, hogy a csapatok részt vennének-e egy „teljesen új labdarúgóegylet" megalapításában. A megkérdezettek többségének tetszett az ötlet, így nem volt akadálya, hogy 1900. március 18-án megalakuljon a Football Club Ajax.
Az új klub csatlakozott előbb az amszterdami, majd 1902-ben az országos sportági szövetséghez is. 1908-ban megnyerte a másodosztályú bajnokságot, de az osztályozón nem tudta kiharcolni az élvonalbeli tagságot. A feljebb lépés érdekében 1908 júliusában fuzionált a harmadosztályban szereplő Holland gárdájával, ám eleinte az egyesített erőknek sem sikerült kivívniuk a feljutást.
1910-ben a vezetőség úgy látta, hogy a vágyott célt csak külföldi, leginkább brit edző segítségével lehet megvalósítani, ezért szerződtették Jack Kirwant, a Tottenham egykori nagyszerű futballistáját, aki a klub történetének első fizetett trénere lett. Az ír szakember irányításával az Ajax azonnal felkerült az élvonalba, sztárja, Gé Fortgens pedig 1911 márciusában a csapatból elsőként bemutatkozhatott a holland válogatottban is.
Az együttes 1914-ben kiesett a legfelső szintről, ahová – egy adminisztratív döntésnek köszönhetően – 1917-ben tért vissza. Egy évvel később pedig (veretlenül!) megszerezte az első bajnoki címét, amelyet napjainkig további 28 követett!
Az első „aranyévtized" 1931-ben kezdődött meg. Az Ajax a hátralévő békeévek alatt ötször nyert bajnokságot, valamint a VUC elleni 17:0-s győzelemmel összehozta a valaha elért legnagyobb gólkülönbségű sikerét. Az időszak egyik legnagyobb csillaga Wim Anderiesen volt, akiről azóta utcát is elneveztek a városban.
A második világháború alaposan visszavetette a fejlődésben a klubot. Több játékosát munkatáborba vitték, és jelentősen csökkent az egylet tagjainak száma is. Három héttel a háború befejeződése után viszont már ismét tétmérkőzést játszottak, majd 1947-ben megnyerték fennállásuk nyolcadik bajnoki címét – mint az előző hetet, ezt is az 1915-től (kisebb megszakításokkal) náluk dolgozó legendás angol edzővel, Jack Reynoldsszal...
A gárda 1957-ben lépett ki először a kontinentális porondra, és a BEK-ben a legjobb nyolcig jutott, ahol a Vasas állította meg. Ekkor már a fehér-pirosak igazolt játékosa volt egyébként a későbbi periódus két meghatározó egyénisége, a klubot 463 mérkőzésen szolgáló, „Mister Ajaxként" emlegetett Sjaak Swart, valamint a nála kilenc esztendővel fiatalabb, akkoriban mindössze tízéves Johan Cruyff.
Az ifjú titánokhoz a későbbiekben többek között Horst Blankenburg, Arie Haan, Barry Hulshoff, Piet Keizer, Ruud Krol, Gerrie Mühren, Johan Neeskens, Heinz Stuy kapus és Wim Suurbier is csatlakozott, akik leggyakrabban alkották az együttest.
Őket nevezték – Johnny Reppel kiegészülve – a „12 apostolnak", akikre alapozva Rinus Michelsnek, az Ajax első fizetett holland trénerének nem volt nehéz felépítenie a hetvenes évek elejére a világot a totális futball alkalmazásával uralma alá hajtó nevezetes nagycsapatot. (A veterán szerb Velibor Vaszovics csak az első nagy nemzetközi trófea elhódításáig maradt, de abban csapatkapitányként vett részt!)
A klub történetének második „aranyévtizedében", az 1970-től 1979-ig tartó időszakban az amszterdamiak öt bajnoki címet és négy Holland Kupa-sikert könyvelhettek el, továbbá – amíg Cruyff nem igazolt Barcelonába – három BEK-diadalt (1971, 1972, 1973), két európai Szuperkupa- és egy Világkupa-elsőséget.
Mindennek részese volt az erdélyi Kovács István is, aki 1971 és 1973 között edzőként járult hozzá a győzelmekhez, az 1973–1974-es évadban ott légióskodó Varga Zoltán azonban éppen „lecsúszott" a kiugró eredményekről.
A nyolcvanas években elsősorban hazai porondon jeleskedett az Ajax, ekkori egyetlen fontosabb kontinentális sikerére 1987-ig kellett várni: akkor a Marco van Basten vezette társaság a holland klubok közül elsőként élen végzett a KEK-ben. Két esztendővel később pedig ismét magyar futballistát üdvözölhettek a szurkolók: Fischer Pál a Ferencvárosból igazolt az amszterdamiakhoz, és egyéves vendégjátékát bajnoki arannyal koronázta meg.
A nemzetközi dicsőséglista 1992-ben vált teljessé (mint az előzőnél, ezúttal is Dennis Bergkamp aktív hozzájárulásával). Az immár Louis van Gaal irányította együttes az UEFA-kupa döntőjében idegenben lőtt góljai révén bizonyult jobbnak a Torinónál, s az európai alakulatok közül másodikként – éppen egy másik torinói egylet, a Juventus után – a vitrinjébe tehette immár az összes jelentős klubtrófeát. Egy szezonnal utána pedig otthon is hiánytalanná vált a kollekció, miután az ősi rivális Feyenoord felülmúlásával meglett a holland Szuperkupa.
A remek felvezetést követően az (eddigi) utolsó jelentős diadalt 1995-ben érték el. A Van der Sar – Reiziger, Blind, F. de Boer – Rijkaard – Seedorf (Kanu), Litmanen (Kluivert), Davids – Finidi, R. de Boer, Overmars összeállítású Ajax a BL-fináléban 1–0-ra legyőzte a Milant, és ezzel negyedszer is földrészünk trónjára ülhetett.
Közvetlenül ezután sikerült az európai Szuperkupát és a Toyota Világkupát is elnyerni, míg a következő szezonban újra döntőt vívni a Bajnokok Ligájában (csak büntetőkkel buktak el a Juvéval szemben), ám aztán visszaesés jött.
A centenáriumhoz közeledve a csapat hívei szomorúan vették tudomásul, hogy kilenc körrel az idény vége előtt az Ajaxnak csak egészen minimális esélye maradt utolérni a 21 ponttal jobban álló éllovas PSV-t, miután 2000. március 16-án egy elmaradt mérkőzés pótlásán nagy meglepetésre 2–0-s vereséget szenvedtek idegenben a mezőny utolsó harmadához tartozó Fortuna Sittardtól.
Ettől azonban még legalább a 100 éves születésnap jól sikerülhetett volna, de 19-én a vendég Twente Jan Vennegoor of Hesselink góljával legyőzte a jubileum miatt a meccsre emelkedett hangulatban érkező amszterdami nézők kedvenceit – az enschedeiek még az is el tudták viselni, hogy egy piros lap miatt a második félidőben emberhátrányban kellett játszaniuk! A vesztes fél nem csúszott hátrább a kudarc következtében – maradt a kínos ötödik helyen...
Ez már sok volt a csalódott drukkerek egy csoportjának, akik a fiaskó után a belvárosba vonultak, ahol megzavarták a klub évfordulós ünnepségét. Az úgynevezett F-Block tagjai az 1–0-s vereség mellett azt is sérelmezték, hogy nem kaptak meghívót a rendezvényre, ezért erőszakkal próbáltak bejutni az épületbe. A rendőrség több huligánt is őrizetbe vett.
S ezzel még nem volt vége a lehangoló fejleményeknek. Két nappal később az Ajax elnöksége menesztette a kispadról Jan Wouterst. A játékosként egykor Európa-bajnok szakember 1998 decemberében váltotta az együttes élén a dán Morten Olsent, és vezetésével a gárda a gyengécske hatodik hely mellé legalább a kupát megnyerte. A további előrelépés azonban a következő idényben elmaradt, a társaság minden sorozatból kiesett, és a bajnokságban is csak vergődött.
Wouters helyét az idény végéig Hans Westerhof általános igazgató foglalta el, de a beugró trénerrel sem sikerült előrébb lépni, csak a hátrány nőtt 23 pontra a bajnok eindhoveniekkel szemben. Az „igazi" utód pedig az ekkor még a Willem II mestereként dolgozó Co Adriaanse lett, akivel 2001-ben visszakapaszkodott a gárda a dobogóra. A bronzérmet aranyra viszont már majd Ronald Koemannal változtatták 2002-ben, megtoldva egy hazai kupasikerrel is.
Összességében a Van Gaal-féle nagy menetelés óta az Ajax hat kupaelsőség mellett négy-négy Szuperkupával (Johan Cruyff-kupa) és bajnoki címmel gazdagodott, ám utóbbiak közül az utolsónak (2004) is már hét esztendeje, és a csapat tartósan a (manapság Dzsudzsák Balázs repítette) PSV mögé szorult. Az újabb „aranyévtizedre" bizony még mindig várni kell – hollandiai viszonylatban is, nem hogy világszinten...