A 22 éves középpályás 2025-ig szóló szerződést írt alá új klubjánál, amely a Lyon közleménye szerint 60 millió eurót fizet Ndombeléért, s ez az összeg bizonyos feltételek teljesülése esetén további 10 millióval nőhet. Mindez azt jelenti, hogy az észak-londoni egylet klubrekordot jelentő pénzt tesz le az asztalra a franciáért, az eddigi első Davinson Sánchezt (47 millió euró) letaszítva a képzeletbeli trónról. Játékosa eladásával óriási üzletet kötött a Lyon, ugyanis egy évvel ezelőtt 8 millió euróért vásárolta meg Ndombelét az Amiens-től.
Ndombele a 2018–2019-es idényben összesen 49 tétmérkőzésen lépett pályára az OL színeiben, ezeken háromszor volt eredményes, emellett kiosztott nyolc gólpasszt is.