A 2020-ban visszavonult belga labdarúgó 2019-ben tért vissza nevelőegyesületéhez, az Anderlechthez a Manchester Citytől, s játékos-edzőként irányította a csapatot, majd egy évvel később már főállású vezetőedzőként tevékenykedett, 90 mérkőzésen 1.7 pontot átlagolva a csapattal.
Kompany teljesítményére Angliában is felfigyeltek, ennek nyomán 2022 nyarán átvette a másodosztályú Burnley irányítását, amellyel kiváló idényt futott, már hat fordulóval a bajnokság vége előtt biztossá tette bajnoki címét és Premier League-be való visszajutását.
A Burnley Kompany irányításával 45 bajnokin, öt FA-kupa- és három Ligakupa-mérkőzésen 2.15 pontot szerzett mérkőzésenként.
A klub vezetősége annyira elégedett a 37 éves tréner munkájával, hogy 2028-ig szóló szerződést kötött vele.