Lee profi pályafutását a Bolton Wanderersnél kezdte, amelynek színeiben 1959 és 1967 között 182 mérkőzésen 92 gólt szerzett, majd akkori klubrekordot jelentő 60 ezer fontért megvásárolta őt a Manchester City. A Cityvel rögtön első idényében bajnoki címet ünnepelhetett, később egy FA-kupát, egy Ligakupát, két Charity Shieldet is nyert, s részese volt a klub első nemzetközi kupasikerének, amikor a csapat megnyerte 1970-ben Kupagyőztesek Európai Kupáját.
Miután a manchesterieknél ötször volt házi gólkirály – 1971-ben az angol élvonal legeredményesebb góllövője is lett –, 1974-ben a Derby Countyhoz igazolt, amellyel első idényében másodszor is angol bajnoki címet ünnepelhetett, majd 1976-ban visszavonult a profi labdarúgástól.
Az angol válogatottban 1968 és 1972 között 27 alkalommal lépett pályára, 10 gólt szerzett, s három mérkőzésen játszott az 1970-es világbajnokságon. Ő volt az első angol válogatott labdarúgó, aki vb-n lapos figyelmeztetésben részesült, miután a Brazília elleni csoportmeccsen megrúgta Félixet.
Visszavonulása után sikeres vállalkozó lett, s háztartási papírtermékek gyártásával foglalkozó cégének bevételeiből 1994-ben megvásárolta a Manchester Cityt, s tulajdonosként a klub elnöke is lett, ám négyéves regnálása során a csapat előbb a Premier League-ből, esett ki, majd miután 1998 elején távozott az elnöki posztról az idény végén a másodosztályból is búcsúzott.
Lee-t 2016-ban a brit lovagrend tagjává választották jótékonysági tevékenységei elismeréseként.