Thomsen 2012 óta irányítja az FCM-et, amellyel idén bejutott a Bajnokok Ligája budapesti négyes döntőjébe, ahol a Győri Audi ETO lesz a dán csapat ellenfele az elődöntőben.
A svéd válogatottnál együtt dolgozik majd a jelenlegi kapitánnyal, Thomas Sivertssonnal. A svéd szövetség azt szerette volna, ha klubedző irányítja a női válogatottat is, fontosnak tartják ugyanis, hogy a szakember napi kapcsolatban legyen a játékosokkal. Ezt a modellt követik a férfiválogatottnál is Staffan Olsson és Ola Lindgren révén.