A kétszeres magyar válogatott hátvéd 2017 januárjában érkezett a Budapest Honvédtól a Ferencvároshoz. A 25 éves játékos 77 tétmérkőzésen lépett eddig pályára a zöld-fehéreknél, melyeken két gólt szerzett és hat gólpasszt adott.
A szélső és belső védőként is bevethető védőre ebben az idényben kilencszer számított kezdőként Szerhij Rebrov, összesen 16 mérkőzésen lépett pályára a szezonban.
A Transfermarkt szerint Botka Endre korábbi szerződése a következő idény végén járt volna le, a Ferencváros azt nem közölte, hogy most meddig írt alá.
„Amikor idejöttem, nagyon nagy céljaim voltak, amelyekből sokat sikerült is megvalósítani. Ha visszagondolok, majdnem mindent úgy alakult, ahogy szerettem volna. Nyilván a féléves kihagyás a sérülésem miatt nem tett jót, de azon már túl vagyok, és szép sikereket értünk el” – nyilatkozta a klub hivatalos honlapjának Botka Endre.