Mint ismert, a másodosztályú licenc nélküli Egri FC megüresedett NB II-es helyét kellett betölteni. Az MLSZ feltöltési szabályzata szerint „a legjobb százalékos eredménnyel végző, osztályozón vesztes NB III-as vagy NB II-es csapattal" töltik fel az egycsoportos NB II-t. E tekintetben a Felsőtárkány vagy a Soproni VSE pályázott a pozícióra, a versenybizottság döntésének értelmében utóbbi lett a befutó. Mint ismert, a másodosztályú licenc nélküli Egri FC megüresedett NB II-es helyét kellett betölteni. Az MLSZ feltöltési szabályzata szerint „a legjobb százalékos eredménnyel végző, osztályozón vesztes NB III-as vagy NB II-es csapattal" töltik fel az egycsoportos NB II-t. E tekintetben a Felsőtárkány vagy a Soproni VSE pályázott a pozícióra, a versenybizottság döntésének értelmében utóbbi lett a befutó.
Íme, azok a klubok, amelyek nevezését elfogadta az MLSZ az NB II 2013–2014-es idényére:
1. Balmazújváros
2. Békéscsaba
3. BFC Siófok
4. Ceglédi VSE
5. Dunaújváros PASE
6. FC Ajka
7. Kozármisleny FC
8. Gyirmót FC
9. Nyíregyháza Spartacus
10. Soproni VSE
11. Szolnoki MÁV FC
12. Szigetszentmiklós
13. Tatabánya FC
14. Kisvárda
15. Vasas
16. ZTE
Az MLSZ az NB III-as klubok nevezéséről is döntött. Az alábbi klubok nevezését fogadta el a versenybizottság:
1. Andráshida LSC
2. Bajai LSE
3. Balatonfüredi FC
4. BKV 2013 Futball Kft.
5. BSC 1924 Futball Kft.
6. Csákvári TK
7. Csepel FC Kft.
8. Diósdi TC
9. Dorogi FC
10. Dunaharaszti MTK
11. DVSC FSZ Zrt.
12. Ebes KKSE
13. Egri FC Kft.
14. ESMTK LE Kft.
15. FC Dabas SE
16. FC Hatvan
17. FC Tiszaújváros
18. Fehérvár FC Kft.
19. Felsőtárkány SC SE
20. FTC Labdarúgó Zrt.
21. Győri ETO FC Kft.
22. Gyulai Termál FC
23. Hajdúböszörményi TE
24. Honvéd FC Kft.
25. Jászapáti FK Kft.
26. Kazincbarcikai SC FC Kft.
27. Körmendi FC
28. Maglódi TC
29. MTK Budapest Zrt.
30. Nagyatádi FC
31. Orosháza FC FK Kft.
32. Putnok FC Kft.
33. REAC Sport Kft.
34. Soroksár Sport Club Kft.
35. Szeged 2011 Kft
36. Szekszárdi UFC
37. Szombathelyi Haladás Kft.
38. Tököl VSK
39. Újbuda Labdarúgó Kft.
40. Veresegyház VSK
41. Veszprémi FC P2 Sport Kft.
Az alábbi klubok nevezésével kapcsolatos döntést későbbre halasztották:
42. Bölcskei SE
43. Cigándi SE
44. Első Mosonmagyaróvári TE 1904
45. Létavértes SC '97
46. Monori SE
47. Nyírbátori FC
48. Rákosmenti Községi SK
Érdekesség, hogy az eredetileg az NB III-ból kieső FC Dabas, a Csepel FC, a Hajdúböszörményi TE és az osztályozón vereséget szenvedő Körmendi FC felkérés alapján válnak az új harmadosztályú bajnokság tagjává.