Perrin kisebb francia kluboknál kezdte a pályafutását, majd 1997-ben került a rekordbajnok utánpótlásába. A felnőttek között 2003-ban mutatkozott be, összesen 469 tétmérkőzésen szerepelt a zöld-fehéreknél, s védő létére 30 gólt és 15 gólpasszt is összehozott. Ugyan a St.-Étienne aranykorszaka már jó ideje lezárult, a védő nem maradt trófea nélkül – a 2012–2013-as évadban francia Ligakupát nyert.
„Szebb befejezésben reménykedtem, de így is büszke vagyok arra a tizenhét idényre, amelyet profi játékosként a csapatban tölthettem. Voltak jobb és rosszabb periódusok, de mindig arra törekedtem, hogy a maximumot hozzam ki magamból – így a búcsúzó Perrin. – Eljött a pillanat, hogy lapozzunk egyet, de a történetem a Saint-Étienne-nel még nem ér véget.”
Perrin utolsó mérkőzésén főszereplő lett, ám nem úgy, ahogyan szerette volna: a 31. percben egy, a kelleténél nagyobb elánnal összehozott becsúszásnál eltalálta Kylian Mbappé lábát, amiért piros lappal kiállították a Francia Kupa döntőjében.
A 2010-es évek elején a PSG-vel és az Arsenallal is szóba hozták Perrint, ám bármilyen ajánlatot is kapott, mindig kitartott a Saint-Étienne mellett. A 34 éves bekknél hosszabb ideje senki sem futballozott ugyanabban a klubban a francia élvonal 2019–2020-as idényében.