Marek Krejci a pozsonyi Inter csapatában kezdte pályafutását, majd Nagyszombatra került a Spartak Trnavához.
Nagyszombatról először a ZTE akarta szerződtetni, de 2002 tavaszán mégis a Győrben kötött ki. A fiatal játékos azonban csak elvétve fért be az ETO-ba, összesen három bajnokin játszott, így nem keltett különösebb meglepetést, hogy nyáron elköszöntek tőle.
A „fenegyerekként” ismert Krejci Győrből való távozása után fél évig nem futballozott, majd az Artmedia együttesében tűnt fel. Innen vitte el a Wacker Burghausen, ahol 2004 nyarától kezdve futballozott.
Krejci a német másodosztályban 87 bajnokin lépett pályára, ezeken 26 gólt szerzett. A szlovák nagyválogatottban egyszer szerepelt, de korábban rendszeres tagja volt az olimpiai együttesnek.
A rendőrségi jelentések szerint Krejci a felsőbajorországi Maitenbethnél az autópályáról lesodródott, és egy fának ütközött. A mentők már nem tudtak segíteni rajta, a helyszínen életét vesztette.
A szlovák játékos az idei szezonban 28 meccsen hét gólt szerzett a Bundesliga másodosztályában.