Pizarro egy évvel meghosszabbította lejáró szerződését a Bayern Münchennel, amellyel a 2012–2013-as szezonban triplázott (német bajnok, Bajnokok Ligája-győztes és Német Kupa-győztes lett). A perui válogatott támadó nagyon boldog, és újabb trófeákat szeretne nyerni klubjával.
Pizarro a legutóbbi szezonban 20 bajnokin lépett pályára, és hat gólt szerzett.