Kondogbia a 2012–2013-as szezonban már játszott a La Ligában, akkor a Sevillát erősítette.
Onnan a Monacóhoz szerződött, majd 2015-ben 31 millió euró ellenében lett az Inter játékosa. 56 meccsen játszott, de annyira akarta a váltást, hogy engedély nélkül hagyott ki edzéseket az Internél.