A 29 éves labdarúgó az év elején döntött úgy, hogy a világbajnokságon szerepel utoljára profi játékosként.
Nakata a Bellmare Hiracukában kezdte pályafutását, majd 1998-ban a Perugiához szerződött. Később az AS Romában, az AC Parmában, a Bolognában és a Fiorentinában is szerepelt. A rómaiakkal 2001-ben bajnoki címet, egy évvel később a firenzei együttessel Olasz Kupát nyert. A 2005/06-os szezonban a Premier League-ben szereplő Bolton Wanderers színeiben szerepelt.
A japán válogatott a németországi vb-n már a csoportküzdelmek után búcsúzott. Nakata mindhárom találkozón, vagyis az ausztrálok (1-3), a horvátok (0-0) és a brazilok (1-4) ellen is végig a pályán volt.