A 28 esztendős labdarúgó ebben a szezonban egyetlen tétmeccsen sem játszott a Dortmund első csapatában, ezért klubja a kölcsönadása mellett döntött.
A szerb belső védő 2008 óta 192 Bundesliga-mérkőzésen lépett pályára a fekete-sárgáknál, és 15 gólt szerzett. Ez idő alatt két-két bajnokságot és Szuperkupát, valamint egy Német Kupát nyert a csapattal, és alapembere volt a 2012–2013-as szezon végén Bajnokok Ligája-döntőt játszó együttesnek.
Szubotics szerződése 2018 nyarán jár le Dortmundban, a Köln a mostani idény végéig vette kölcsön.