Kis Károly edzői pályafutása elején már dolgozott Balassagyarmaton, a 2003–2004-es szezonban az akkori NB I/B-ben szereplő csapat vezetőedzője volt.
A tréner legnagyobb sikereit Pakson érte el, a Tolna megyeiekkel 2011-ben ezüstérmes lett az NB I-ben és ugyanebben az esztendőben Ligakupát nyert. Kis legutóbb az NB II-es Szolnoki MÁV-nál dolgozott.
Úgy tudjuk, hogy Kis Károly magasabb osztályból érkező ajánlat esetén bármikor távozhat a gyarmatiaktól.