A középpályás pályafutása nagyobbik részét az athéni klubnál töltötte, hazájában lehúzott még két szezont az Apollonban is.
Karagunisz 2003-ban hagyta el a Panathinaikoszt, előbb két évig az Internazionale, majd a legutóbbi két szezonban a Benfica játékosa volt.
A görög klub Portugáliából még egy játékost szerződtetett, a szenegáli támadó középpályás, Dame N'Doyeby a Coimbra gárdájától érkezett.