Az amerikaiak kedvence, a 18 esztendős Katie Ledecky győzött 200 méter gyorson, majd 400 vegyesen ötödik lett.
Phelps 52.38 másodperccel csapott célba, míg nagy riválisa, Ryan Lochte 53.11-gyel másodikként végzett.
A 29 éves sztár még szerdán jelentette be, hogy noha a 2012-es londoni olimpia után visszavonult, tavaly azért állt újra edzésbe,hogy készen álljon a riói megméretésre.
Phelps most versenyez először azok után, hogy októberben hazájának szövetsége hat hónapra eltiltotta újabb ittas vezetése miatt.
Ráadásul visszaléptették az augusztusi vb-től is, bár napvilágot láttak olyan híresztelések, hogy esetleg „kegyelmet kap”, ő azonban megerősítette, hogy elfogadja a büntetését, így nem lesz ott Oroszországban.
A nemzetközi szövetség (FINA) ugyanakkor azt tervezi, hogy szabadkártyát biztosít számára az idei vb-re.